Air Moldova được thành lập và bắt đầu hoạt động từ năm 1992 trên căn bản của phân banAeroflot cũ ở Moldova. Hãng do chính phủ Moldova làm chủ và có 598 nhân viên[2]. Năm 2001 hãng mua 1 máy bay phản lực Embraer 145 của Tây phương đầu tiên. Năm 2003, hãng thay logo và màu sắc các máy bay. Ngày 13.7.2004, hãng gia nhập IATA. Ngày 15.12.2004, hãng đưa ra chương trình hành khách Air Moldova Club.[3]

Trong 6 tháng đầu năm 2007, hãng có lợi nhuận là 840.000 US$. Cả năm 2007, số lượng hành khách tăng khoảng 20%

Từ 1.1.2008 Air Moldova áp dụng mẫu hàng không giá rẻ. Chuyến bay đầu tiên với giá rẻ là từ Moldova tới Moscow/Domodedovo với giá 39 euro (1 chiều, chưa tính thuế).

Do thiếu vốn đầu tư, chính phủ cộng sản Moldova đã quyết định cho tư nhân hóa hãng từ tháng 6/2008.